目前，浙江省已涌现出一批产业特色鲜明、综合效益突出的特色小镇，获得国家层面的肯定和推广，但也存在一些问题。一是企业主体作用不明显，出现“政府热，企业冷”现象；二是创新集聚能力不强，一些传统小镇、产业园区换个“名称”，新瓶装旧酒。三是实施进度滞后，为争取政策支持，特色小镇规划往往大而全，面临过度包装、产业脱离实际、地方要素的“拉郎配”现象，但受资金和土地限制，不具有可建设性和可实施性。四是评价指标体系不健全，不同产业定位的小镇采用“一刀切”的考核标准，缺乏指导性、针对性和有效性，制约小镇的可持续发展。
商文芳通过对特色小镇从前期创建期进入后期运营管理期的整体调查研究指出，特色小镇发展亟需从治理主体、治理理念、治理机制、治理成效评估等方面探索创新，实现特色小镇治理模式的深层次转变：
1、在治理主体上，应弱化行政权力，强化多元主体共同参与
特色小镇“非镇非区”，既不是建制镇，也不是产业园区，是一个超越行政区划范畴的众创空间，即“众”多主体平等参与空间内的各项活动，以最大限度地“创”造公共利益，特色小镇这一特殊内涵为实施多元主体治理提供了最大的体制机制保障。因此，在治理主体定位上，政府是特色小镇的培育主体，要摈弃“主导”、“掌舵”的惯性思维，善于下放权力，实行参与式管理，通过引导、参与、合作，弱化公共机构的行政权力，简化其内部结构上的等级制度；企业是特色小镇的建设主体，要依托自身敏锐的市场观察力、强大的资本能力、先进的项目运营能力以及较强的风险管控能力，实行企业自主决策、自我管理、自担风险。最后，小镇是各类高端人才、创业人才、当地居民的集聚地，是地域性社会生活的共同体，小镇居民应发挥主人翁意识，积极参与到自治与自我服务中。
2、在治理结构上，应建立“特色小镇镇长”机制，形成“1+2+N”治理体系
当前，杭州很多特色小镇的建设管理主体都是管委会，虽然管委会强调提供“店小二”式的服务，但实质上还是“政府建设+企业投资+市场招商”的模式，特色小镇若要遵循其发展规律，真正实现多元治理，必须从治理结构上进行完善，建立“特色小镇镇长”机制，形成“1+2+N”的治理体系。“1”即聘请小镇投资建设的企业领导出任“镇长”。这个镇长并非行政职务，而是特色小镇的产业领军人物，在行业内具有一定的影响力，能够引入人才、科技、信息等高端资源，推动小镇持续创新发展。镇长在特色小镇治理结构中起着核心层的作用。“2”即小镇治理委员会和小镇决策咨询顾问团。治理委员会由政府部门、相关企业、社区居民、社会组织等代表共同组成，负责参与讨论、沟通和决策小镇的各项公共事务，确保倾听多方声音、协同多元利益。决策咨询顾问团由国内外的专家学者、专业技术人才组成，是小镇的常设智囊团，为小镇的规划建设提供专业化的决策辅助和技术咨询。“N”即在小镇生活、工作的所有居民。应发挥群众主体作用，构建小镇发展共同体，提升居民的“获得感”和“幸福感”，最终形成联动融合、开放共治的小镇治理局面。
3、在运行机制上，应形成“协调、协作、共享”三大机制
特色小镇不按行政区划来划定，一方面，避开了现有体制机制的障碍，为小镇提供更灵活的发展空间；另一方面，也带来了多重复杂关系，导致开发区、街道、行政镇等政府部门多头管理。因此，在特色小镇治理过程中，应转变政府职能、合理分配各方权责，形成协调机制、协作机制、共享机制，解决各行动主体之间“联”与“动”的难题。一是建立协调机制。“协调”强调参与主体之间的上下等级性关系，应成立特色小镇规划建设领导工作小组，定期召开工作联席会议，制定落实配套政策，推进土地供给、投融资体制改革，协调解决特色小镇建设中出现的重大问题。二是建立协作机制。建立“一站式”综合服务管理平台，实施线上、线下结合的O2O服务模式。线上通过工作管理平台，接收工作事项、分配工作任务、追踪工作进度，及时发现问题、及时解决问题，强化工作协作实效。线下通过组建工作服务中心，提供政府事务、办公事务、生活配套事务等全方位服务。三是建立共享机制。改变传统的点对点的信息传递模式，利用信息技术将不同部门、不同组织的信息和资源整合盘活起来，提高信息处理的及时性、准确性和效率。同时，信息共享平台也将成为行业知识的特定分享空间，有利于形成技术联盟和创新网络，实现创新的持续循环滚动。
4、在绩效评估上，应实行分类考核和常态化考核
特色产业的形成、发展并壮大是一个长期积累的过程，特色小镇的培育也不可能一蹴而就。而且特色小镇不同产业业态发展对环境条件、资源要素的要求差异较大，相应地，运营模式、建设目标、评价标准等要求也有所不同。因此，应建立科学、严谨、动态的绩效评估标准和体系，根据产业定位、文化特色、发展路径进行分类考核，在坚持“显性”硬标准的基础上，强化“隐性”软实力。一方面，按照功能定位不同将特色小镇进行分类，结合浙江省特色小镇规划建设工作联席会议办公室发布的创建标准，针对不同分类相应调整考核标准，如历史文化型小镇，应强化特色产业、特色文化的考核指标，在投资金额上仅做原则和底线的要求；新型产业型小镇则重点针对高端要素集聚、功能融合等方面进行考核。另一方面，特色小镇强调的不是产业规模，而是产业“转型”和“创新”的含金量以及可持续发展的能力，因此，市场发展趋势、产业发展容量、企业创新能力等软实力应纳入考核标准。同时根据产业特性，适当延长考核周期，并将考核常态化，贯穿特色小镇创建和运营的全过程。