长三角近岸海域环境污染形势十分严峻。长三角近岸海域水环境质量堪忧，近岸海域海水水质总体上呈恶化趋势。近岸海域海水质量存在空间差异性，各类海水质量面积占比在长三角三省市呈现的差异性说明减排责任的差异性。近岸海域环境质量总体不如其他海域，而且环境污染主要是陆源污染。沈满洪教授等认为，根源在于陆海分割、条条分割、块块分割、条块分割，需要以统筹兼顾的思路加快推进长三角近岸海域环境治理一体化进程。
一、坚持海陆统筹，实施入海污染物递减前提下的总量控制
长三角近岸海域环境治理，必须从“陆海分割”转向“陆海统筹”，从“重陆轻海”转向“以海定陆”。具体地说，根据陆域环境容量和海洋环境容量统筹确定入海污染物排放总量。基于长三角近岸海域环境污染已经超过阈值的现状，入海污染物排放必须在总量递减前提下确定总量控制的“总量”。在容量总量核算法尚未取得公认以前，目标总量核算法不失为一种可行的方法。可以采取逐渐逼近的方式加以处理。即：以现状排放总量为基础，逐渐削减排放数量，直至达到近岸海域生态平衡。
“排海工程”就是污染排放从陆地的河流、湖泊变为海洋，而且入海污染排放标准低于陆地污染排放标准。“排海工程”的实质上是污染物从陆地向海洋的转移。因此，要根据长三角经济发展阶段和海洋环境保护要求，逐步取缔“排海工程”，直至全部取缔。这需要长三角地区协同推进。对于海洋环境特别严峻的区域，例如东海及其长江口和杭州湾沿海地区，要率先取缔“排海工程”。
二、坚持区域统筹，按照效率与公平兼顾原则明确污染减排责任
自从2006年开始实施的污染物减排制度存在的一个突出问题是“一刀切”。各个区域，不论环境与经济效率高低、不论资源与环境禀赋状况、不论人口密度与分布结构，采取统一的减排政策。针对长三角地区而言，作为中国经济巨龙的龙头区域，污染减排应该走在全国前列，而不是达到国家规定的要求。长三角地区内部不应该沿袭“一刀切”政策，而应该实施“共同但有区别的污染减排政策”。
从不同的角度看，污染物减排的重点区域是不同的。从历史排放量的角度看，历年累计排放量多的地区应该多减排，反之则少减排；从环境效率角度看，单位排放量经济产出小的地区应该多减排，反之则少减排；从排放“贡献度”角度看，入海污染物“贡献度”大的地区应该多减排，反之则少减排。总之，可以按照累计排放及排放现状、环境效率及经济效率、排放总量及人均排放量、人口规模及人口布局等不同指标共同确定入海污染物排放总量。可以采取加权平均的方法进行具体核算。通过这一方法，可以在一定程度上解决陆源污染物减排中的“块块分割”问题。
三、坚持部门统筹，根据环境效率和排放贡献度确定部门减排责任
长三角地区各省市的产业结构差异较大，发展的定位和发展目标也有所不同，各产业部门的污染排放也差异巨大，而且各地区的污染减排重点和考核指标也有所不同。因此，必须统筹协调各产业部门的减排，不仅要从减排总量的确定、减排指标的遴选、减排进度的监督等方面统一进行协调安排，而且要合理确定各产业部门的减排比例，推动产业减排与经济发展状况相协调。
从不同的角度看，污染物减排的重点部门或行业是不同的。从环境效率看，单位产出污染物排放量多的部门或行业应该多减排，反之则少减排；从民生角度看，事关“吃”“穿”的部门或行业应该首先保障排放指标，其次才是考虑其他部门或行业。不同的污染物在不同部门或行业的减排重点也是不同的。从不同角度审视往往会有不同的减排重点。此时，可以采取加权平均的方法予以处理。这样，既可以解决不同部门或行业的“一刀切”问题，又可以解决“条条分割”问题。
四、坚持条块统筹，基于成本效益最优原则推进排污权有偿使用和交易制度
长三角地区全面推进排污权有偿使用和交易制度。理论和实践均已证明，通过排污权有偿使用和交易制度，完全可以进一步优化环境资源在区域之间和部门之间的优化配置。只要各个区域、各个部门、各个主体的环境效率存在差异性，就有可能通过排污权交易实现双赢。长三角地区是全国最早开展排污权有偿使用和交易制度的地区。为何这一制度没有顺利推进？原因之一政府多管闲事，采取“数量”“价格”双锁定的做法，导致市场交易机制失灵。实际上，在排污权市场上，政府需要管控的是排污总量，价格应该交给市场决定。
推进长三角地区排污权交易市场一体化建设。长三角地区排污权出现“惜售”“有价无市”“价格千差万别”等现象的另一个原因是，排污权市场无限细分。不仅每个省而且每个市、每个县都有排污权交易中心。这是一种市场分割的现象，也是属于“块块分割”和“条块分割”的现象。解决的办法就是，从块块分割到区域统筹、从市场碎片化到市场一体化，推进长三角地区排污权交易市场一体化建设。也就是说，整个长三角成立统一的排污权交易中心，而各个地方原有的排污权交易中心可以作为交易窗口。这样，既有利于推进排污权市场一体化建设，又有利于排污权交易平台的规模经济效应。
构建长三角地区排污权市场监管制度一体化建设。创制《长三角地区排污权交易管理条例》并付诸实施。在国家层面尚未出台相关法律的情况下，长三角地区可以先行先试，率先就排污权制度建设进行联合立法、联合执法、联合司法，推进区域环境治理体系和治理能力现代化建设。建设长三角地区一体化水环境检测体系。打破水环境检测中的区域和区域之间的“块块分割”、部门和部门之间的“条条分割”和部门和区域之间的“条块分割”，建立一体化的水环境检测体系，并实现检测数据的共享机制。实施长三角地区水环境联合监管和督查机制。由于陆域与海域、流域与流域、流域上游与下游之间均存在相互联系的特征，可成立长三角水环境联合监管机制并定时开展联合督查。而且像陆地污染考核一样考核海洋污染，将海洋污染指标纳入干部离任审计。