在数字政府建设过程中，需要进一步明晰并解决数字政府建设与政府体制机制改革的关系、数字政府服务边界与传统政府职能的关系以及数字政府建设成本、运维技术、支撑数据获取等方面的问题，以有效提升政府服务供给能力，推进治理现代化。
一、数字政府建设与政府行政体制和机制改革的关系
数字政府建设旨在政府治理效能的提升，政府行政管理体制和机制的改革是数字政府建设的前提。例如，浙江省基层治理四个平台、社会矛盾调解中心平台、统一投诉咨询举报平台等分属不同部门建设，各有事件分类规则，以致事项在不同平台间难以在线上协同处理，需要在线下再协调，尤其是跨部门事项的协调更需要以流程重组和优化为前提。
二、数字政府服务边界对传统政府职能界定的挑战
基于大数据处理技术，各地在数字政府建设中已经出现从被动申请式服务，转变为主动赋能式服务的雏形，但主动赋能的服务边界超越了传统的政府职责界定。随着主动赋能式服务的不断深入，数字政府的服务边界亟需顶层设计。杭州市滨江区主动赋能符合政府优惠补贴条件的企业，积极推送相关申报信息，并正在谋划运用大数据赋能企业竞争能力建设，这已经完全超出了传统政府职能的边界。
三、数字政府建设中公共数据与社会数据的融合应用
数字政府建设需要多主体参与和协同治理，尤其在平台企业成为跨空间社会治理极为重要主体的情形下，数据资产权属、交易、定价等问题亟需解决，否则将直接影响公共数据资源与社会数据资源之间融合应用。如随着健康码向更多生产、生活场景不断拓展，精密智控和精细统筹的要求不断提升，仅靠公共数据并不能最大程度发挥数据效用，政府不同条线数据与企业社会数据需要实时对接，算法判定规则的标准需要统一，不同平台间数据流动与融合应用的管理也需要进一步协同和规范。
四、数字政府建设成本和运维成本持续增长对财政支出的压力
全国数字政府建设中，2018、2019和2020年IT硬件投入分别达到2405亿、2653亿和2894亿元，发达地区有的县级市一次性投入达1亿元，广东省茂名市仅仅建设“一门式”公共服务暨公共资源交易服务平台的投入就达4130万元。随着数字化基础设施的普及和完善，IT 运营服务及综合解决方案的支出和运维成本占比将逐年上升，据初步估计，未来IT 服务支出占比将达到 41.1%，运维和专线租用成本达投入成本的10%以上。更为重要的是，各地仍然在不断开拓数字政府新的应用场景和服务，各部门、各层级分头开发相互不能兼容的操作系统和数据库也造成巨大浪费，一些单位热衷于项目的演示效果和视觉冲击力而不计成本，未来建设数字政府建设的费用支出将会是巨大的。
五、数字政府建设中省级统一平台构建与地方分散治理需求之间的矛盾
数字政府建设中单向的从上自下的数字化平台规划和条线数字平台建设难以满足地方分散治理的需求，尤其当政务服务和行政执法力量下沉时，为实现基层的有效治理对数字化平台的统一规划和建设带来了巨大的挑战。在数字政府建设中，应该以顶层设计为抓手，但如何处理好基层分散和差异化治理的关系是今后必须高度关注的课题。杭州市余杭区312套信息系统中，税务、民航、通信管理等垂管部门系统达232套，垂直系统相对独立、技术架构复杂,数据格式不一致，地方数据平台建设的数据共享问题突出，面向基层治理的数字平台开发和应用难度颇大。
六、数字政府建设中基层技术力量薄弱、安全漏洞多
当前多数地方政府特别是县市级政府的数字化职能部门专业人才少，设计应用场景并提出相应技术要求、审核评估技术方案的能力不够，浙江大部分县市数据资源管理局编制仅3-5人，各部门也普遍缺少既懂数字技术又熟悉行政管理，善于把部门的管理要求、管理规范、管理程序、管理方法数字化的复合型人才。建设部门与技术开发公司之间往往存在沟通障碍，过度依赖技术开发公司。一些平台还同时使用不同企业开发的系统，运维方多、运维人员杂的问题突出，容易造成技术上和管理上的安全漏洞。亟待加强相关人才特别是复合型人才的培养和引进，跟上数字政府建设的步伐。